與傳統的反應器工藝相比，連續流微反應器技術具有傳質傳熱效率高，反應時間短，無放大效應，安全可靠，集成度高，生產流程綠色化等諸多優點。它為化工生產提供了高效、方便的平臺。
由于微反應器的反應體積小，傳質傳熱速率快，能及時移走強放熱化學反應產生的大量熱量。微反應器微米級的通道尺寸小于火焰傳播臨界直徑，因而微反應能有效地抑制氣相自由基支鏈爆炸反應。最近的研究表明，對于反應物或總價產物有毒有害的化學反化，由于微反應器數量眾多，即使發生泄漏也只是少部分微反應器，而單個微反應器的體積非常小，泄漏量非常小，不會對周圍環境和人體健康造成危害。
在傳統的有機合成中，一種在實驗室階段的合成路線成熟之后并不能直接入到大規模的生產中，需要經過較長時間的中試環節，該過程周期長，最終放大到生產還需繼續做參數的優化，這給化工生產帶來成本的提高。使用微反應器進行有機合成恰恰能避免這一環節。在其他條件不變的前提下，通常在微反應器中進行的反應起關鍵作用的變量是保留時間。
在遺傳工程領域，許多重要化合物的生物合成已被展示出來，但考慮到諸如雜的生理系統等因素，產品的活性及其對反應條件的控制受到限制，也顯示出對大規模工業生產的不適應性。作為種可選擇的途徑，微反應器技術將消除這些缺陷，井適合于工業化生產。微生物反應器技術已進入生物催化領域，微生物反應器技術與生物催化技術的結合將是一個重要的綠色工程，一些常用的酶微生物反應器已在均相。非均相和多相系統中表現出優異的性能。
